In der feinstofflichen Struktur des pranischen Netz­werks hat jedes Nadi eine ganz bestimmte Bahn, und an bestimm­ten Punkten treffen alle Nadis zusammen und bilden Zentren von pranischer und psychischer Energie. Das sind die 'Chakras'. Chakra ist ein Sanskrit­wort und bedeutet Kreis, Rad, etwas rundes, sich drehendes. Es gibt viele Chakras im Körper, aber die bedeutenden unter ihnen bilden einen Kreis um die Wirbel­säule herum, jeweils in der Region der fünf wichtigen Nerven­zentren (andere Namen dafür sind Plexus oder auch Nerven­geflecht). Diese Chakras wirken als Transformatoren, sie empfangen Energie aus höheren Frequenzen, leiten sie auf eine uns erträgliche Frequenz um, und übermitteln sie dann in Körper und Bewusstsein.
Weil sie dem Körper nahe sind und ihre Funktionen mit dem Körper korrespondieren, werden diese Haupt Chakras gern mit den Nervengeflechten oder sogar mit den Drüsengeflechten gleichgesetzt, aber sie sind keines von beiden. Die Chakras wirken auf einer viel subtileren Schwingungsfrequenz, man kann sie nicht sehen, es sei denn, mit Hilfe von sehr sensitiven wissenschaftlichen Appa­raten. Die Chakras mit dem niedrigsten Energiekreislauf vibrieren im Vergleich zu den höheren Chakras in Hals- und Kopfraum sehr viel langsamer. Die Schwingungsrate jedes Chakras wiederum beeinflusst die Nerven-, Drüsen- und Organtätig­keit, mit denen sie verbunden sind; und somit wird natürlich der ganze Organismus beeinflusst.

Im menschlichen Körper liegen sieben Haupt Chakras entlang der Wirbelsäule und im Kopf. Natürlich gibt es viele Neben Chakras im ganzen Körper, auch die Tiere, Pflanzen und Minerale haben sie. Über dem höchsten Chakra der menschlichen Evolution gibt es Chakras, die ins göttliche Reich gehören.
All diese Chakras funktionieren auf verschiedenen Schwingungsfrequenzen; daher kann man sie als Lichtwirbel wahrnehmen, die Farben variieren nach ihrer jeweiligen Schwingungsrate. Die großen Seher, die Rishis, die diese Chakras in tiefer Meditation wahrnehmen konnten, haben sie mit Lotusblumen in verschiedenen Formen mit unterschiedlicher Anzahl von Blütenblättern verglichen. Deshalb werden sie in yogischen Texten als die Lotusblüten des Körpers bezeichnet.
Das unterste Chakra ist Mooladhara, dann folgt Swadhi­sthana, Manipura, Anahata, Vishuddhi, und zu oberst liegt Ajna. Noch höher kommen wir zu Sahasrara. Mooladhara ist für das Tierreich das, was für uns Sahasrara ist. In Mooladhara liegt die menschliche Ur-Lebenskraft, die in spirituelle Kraft umgewandelt werden kann. An diesem Punkt entspringen Ida, Pingala und Sushumna. Am Ende der Reise treffen sie im Ajna­ Chakra wieder zusammen und fließen gemein­sam zu Sahasrara, was in der Krone des Kopfes liegt.
Ida und Pingala üben keinerlei Einfluss mehr auf Sahas­rara aus; aus diesem Grund betrachtet man es nicht immer als Chakra. In vielen Yogaschriften wird nur von fünf Chakras entlang der Wirbelsäule gesprochen, andere schließen Ajna mit ein; aber nur wenige beziehen Sahasrara mit ein. Moooladhara bis Vishuddhi umschließen die fünf Grundelemente der Schöpfung. Ajna ist allein dem Bewusstsein und der Intuition zugeordnet. In den niederen Zentren ist die Materie dichter und das Bewusstsein schwächer, während in den höheren Zentren das Bewusstsein dominiert, materielles Bewusstsein wird auf dem Wege zu Sahasrara allmählich in reines Bewusstsein umgewandelt.

Ein Chakra kann bewusst aktiviert werden, und zwar entweder durch Hineinlenken des Pranaflusses in das Zentrum, oder, indem man sich auf den Platz und die Form konzentriert. In jedem Fall erreicht man mit beiden Methoden das gleiche Ergebnis: Wenn man pranische Energie zum Chakra lenkt, wird man sich des Platzes Bewusst, man macht sich also eine bild­liche Vorstellung und konzentriert sich auf diesen Punkt; wenn man sich auf das Chakra oder auf ein Symbol, dass das Chakra stimuliert, konzentriert,  bewegt man damit auch Prana in die Richtung.
Nun, es ist wichtig zu wissen, dass das Erwecken der Chakras und das Erwecken von Kundalini nicht das Gleiche ist. Die Chakras müssen zuerst gereinigt werden, bevor Kunda­lini erweckt werden kann, denn normalerweise sind sie blockiert oder stehen unter sehr niedriger Frequenz. Sie müssen also erst gereinigt, dann aktiviert und dann auf eine höhere Frequenz eingestimmt werden, dann erst kann Kundalini ohne Störung und Schwierigkeit aufsteigen.
In Swara Yoga konzentriert man sich auf die Tattwas (Elemente), um die Chakras zu aktivieren. Durch Analyse des Atems kann man herausfinden, welches Element zur Zeit aktiv ist, das zum Element korrespondierende Chakra also gerade mit Prana versorgt wird. Wenn man also Einsicht in das Element und die Eigenschaft eines Chakra gewinnt, können auch An­zeichen eines Erwachens durch den Atem erkannt werden.

Das niedrigste Energiezentrum, Mooladhara, liegt an der Basis der Wirbelsäule, in der Region des Plexus coccygeus (Steißgeflecht). 'Mool' bedeutet Wurzel und 'Adhara' ist der Platz. Alle tie­rischen Urbedürfnisse und Instinkte entstehen hier, und hier beginnt auch die menschliche Evolution. Durch Mooladhara werden die Ausscheidungs- und Fortpflan­zungsorgane, sowie die dort befindlichen Drüsen beeinflusst. Da eine enge Verbindung mit der Nasenhöhle und dem Geruchsinn besteht, kann das Chakra auch von der Nasen­spitze her stimuliert werden.
Symbolisch wird Mooladhara als vierblättriger roter Lotus dargestellt. In der Mitte befindet sich ein von einem Kreis umrundetes gelbes Quadrat als Symbol für das Erdelement. Alle physischen und feinstofflichen Qualitäten des Erdele­mentes manifestieren sich auf der Stufe von Mooladhara. Der Swara Yogi meditiert auf das Yantra des Erdelements, um die inne­wohnende Kraft von Mooladhara zu erwecken.

Zwei Finger über Mooladhara im Plexus sacralis (Kreuz­geflecht) liegt Swadhisthana. 'Swa' bedeutet Selbst und 'sthana' ist die Heimat. Wenn Bewusstsein und Energie in Swa­dhisthana wirksam werden, wird man sich des Ego und seiner Selbst Bewusst. Swadhisthana ist mit Mooladhara eng verbunden und hat auch Einfluss auf die Fortpflanzungsorgane und die damit zusammenhängenden Drüsen. Das Wort 'Swad' bedeutet Geschmack, und das Schmecken ist eine Sinnesfähigkeit, die mit Swadhisthana in Verbindung steht. Das Schmecken wiederum hängt mit dem Geruchssinn zusammen.
Swadhisthana wird durch einen sechsblättrigen zinnober­roten Lotus symbolisiert, innen befindet sich ein Kreis, auf dessen Grund ein zunehmender Mond zu sehen ist, der das Wasserelement repräsentiert. Über dem Mond liegt ein tiefes, dunkles Meer, darüber monderleuchtete Nacht; dies alles soll das Unterbewusstsein zum Ausdruck bringen. Um die Eigenschaften von Swadhisthana aufsteigen zu lassen, macht der Swara Yogi Trataka auf das Yantra des Wasserelements; das gleiche ist auch möglich mit dem zunehmenden Mond bei Nacht.

Hinter dem Nabel im Plexus solaris liegt Manipura Chakra. 'Mani' bedeutet Edelstein und 'Pura' ist die Stadt. Manipura ist die Stadt der Edelsteine. Hier sammeln sich die Nadis und strahlen extrem viel Licht und Wärme aus; yogische Texte sprechen vom Leuchten eines Edelsteines. Manipura enthält das Feuerelement, was auch eine Erklärung für den Begriff 'Verdauungsfeuer' ist.
Mit Manipura hängen die Verdauung und das Absorbieren von Nahrung und Prana zusammen. Es wird als Mittelpunkt zwischen Erde und Himmel bezeichnet. In den unteren Bereichen ist die Wahrnehmung groben Erfahrungen zugeordnet, aber wenn sie einmal Manipura hinter sich gelassen hat, entwickeln sich höhere Ideale. Manipura ist auch der Mittelpunkt vom physischen und pranischen Körper, in den yogischen Texten heißt es, dass Prana und Apana sich hier verbinden. Wir können auch sagen, dass Manipura der Wendepunkt vom Grobstofflichen zum Feinstofflichen ist. Es wird durch einen leuchtendgelben Lotus mit zehn Blütenblättern symbolisiert; innen liegt ein mit der Spitze nach unten zeigendes Dreieck, in dem ein kräftiges Feuer brennt. Das innere Yantra repräsentiert das innewohnende Feuerelement, und während der Swara Yogaübung konzentriert man sich auf diese innere Form.
Aus zwei Gründen ist Manipura für den Swara Yogi sehr wichtig. Zum einen ist es das Zentrum, wo Prana aufbewahrt wird, und zum anderen residiert hier die Göttin Laxmi. In der  Shiva Swarodaya heißt es, dass Laxmi den Swara Yogi segnet und beschützt. Sie ist die kreative Kraft von Lord Vishnu, dem Erhalter des Kosmos, und sie ist die Gottheit für Wohlstand, Reichtum und Glück. Laxmi drückt symbolisch das aus, was durch die Aktivierung von Manipura bewirkt wird.

Der Plexus cardiacus ist der nächste wichtige Punkt, den wir als Anahata Chakra kennen. 'Ana' bedeutet nicht, und 'ahata' bedeutet anschlagen. Im Herzzentrum befindet sich die nicht von außen verursachte Schwingung des kosmischen Nada. Hier kann der Puls des Universums sowie der Puls des Individuums wahrgenommen werden. Der große tantrische Guru Gorakhnath sagte, dass man durch ununterbrochene Wahrnehmung der 21.600 Atemzüge pro Tag und Nacht diesen Klang, der sich im Herzzentrum offenbart, erkennen kann. Man sagt, dass in Anahata der 'Jivatma', die individuelle Seele wohnt. Wenn du also Prana in Anahata empfängst, kommst du deinem inneren Wesen näher.
Anahata wird durch einen mattblauen Lotus mit zwölf Blütenblättern symbolisiert. Innen befinden sich zwei ineinander geschlungene Dreiecke, eines zeigt nach oben, eines nach unten. Dieses Yantra repräsentiert das Luftelement, und der Swara Yogi konzentriert sich in Trataka auf dieses Yantra, um die pranische Kraft in Anahata zu erkennen und zu aktivieren.

Im Plexus cervicalis, dem Halsgeflecht, liegt Vishuddhi. 'Vi' drückt etwas sehr Großes aus, zu dem es keinen Vergleich mehr gibt. 'Shuddhi' bedeutet reinigen. Vishuddhi hindert Gifte daran, in den Kreislauf einzudringen. Es hat einen direkten Einfluss auf den Hals, die Mandeln, auf die Stimmbänder, auf die Schilddrüse und die Nebenschilddrüsen. In den yogischen Texten wird von einer Flüssigkeit gesprochen, die von einem höheren Chakra heruntertropft und in Vishuddhi liegen bleibt. Dort verwandelt sie sich in einen Nektar, der Vitalität und Langlebigkeit hervorbringt. Wenn dieser 'Amrit' jedoch weiter nach unten zu Manipur fällt, wird er dort verbrannt und verursacht dann Krankheit, Alter und Tod.
Vishuddhi erscheint als ein rauchig-violetter Lotus mit sechzehn Blütenblättern. In der Mitte ist ein weißer Bindu (Punkt), so wie der volle Mond, und dies deutet auf die Qualitäten in Vishuddhi und auf das Ätherelement. Es ist auch das Symbol für den Zustand eines reinen Bewusstseins, und wenn Vishuddhi aktiviert wird, wirkt Prana auf einer hohen Schwingungsebene. Vishuddhi gilt als das 'Große Tor zur Erlösung', und der Swara Yogi macht Trataka auf das Yantra des Ätherelements, um diese Kräfte zu erwecken und die Tore zu öffnen.

Ajna Chakra ist außerordentlich wichtig, sowohl in Tantra als auch in Swara Yoga. Es befindet sich an der Spitze der Wirbelsäule in der Höhe der Medulla Oblongata (verlängertes Mark). Dieses Zentrum hängt mit der Zirbeldrüse zusammen, und wird auch das Guruzentrum oder das Befehlszentrum genannt, denn von Ajna wird die Intuition in die niedrigeren Zentren und ins Bewusstsein übermittelt. So wird Ajna auch als das dritte Auge bezeichnet, das Auge der Intuition, der Vermittler zwischen kosmischem Bewusstsein, dem Guru und dem Ego, dem Jivata; ein Transformator, um die Eigenschaften eines höher entwickelten Gehirnbereiches mit den instinktiven Hirnfunktionen zu verbinden.
Ida und Pingala treffen mit Sushumna im Ajna Chakra zusammen. Deshalb heißt es auch, dass es ab hier keine Dualität mehr gibt; daher kommt der Name Mukta Triveni. In der Hindutradition ist das Zusammenfließen von Ida, Pingala und Sushumna gleichbedeutend mit den drei heiligen Flüssen, Ganga, Yamuna und Saraswati. Ida und Pingala sind die beiden oberirdischen Ströme Ganga und Yamuna. Sushumna liegt tief eingebettet im Rückenmark und ist mit dem unterirdischen Fluss Saraswati identisch. Diese drei Flüsse fließen in Prayag in Nordindien zusammen, genauso wie die drei Nadis in Ajna zusammentreffen. Der Platz, wo sie zusammenkommen, ist ein hochgeladenes Energiezentrum, in dem die höheren Kräfte des Menschen wach werden.
Die Bedeutung von Ajna hängt mit der Funktion der Epiphyse zusammen. Sie ist eng mit der Hypophyse verbunden, die das ganze endokrine Drüsensystem in Gang setzt und insbesondere das Wachstum und die Aktivität der Hormondrüsen kontrolliert. Wenn die Epiphyse in Tätigkeit ist, hält sie die Hypophyse in Schach. Aber bei den meisten Menschen degenerieren etwa um das achte Lebensjahr herum viele Teile der Epiphyse. Von nun an ist die Hypophyse voll aktiv und die weltliche Persönlichkeit entwickelt sich. Solange die Epiphyse intakt ist, sind bestimmte Funktionen innerhalb der Hypophyse unter Kontrolle.
Eine gute Zusammenarbeit zwischen diesen beiden Hormondrüsen sieht folgendermaßen aus: die Epiphyse ist der Guru, und die Hypophyse ist der Jünger. Wenn aber die Kontrollfunktion zur Hypophyse übergeht, dann entstehen alle möglichen Probleme - emotionale, mentale, psychische und körperliche. In Swara Yoga weiß man, dass dies korrigiert werden kann, indem Ida und Pingala im Ajnachakra ins Gleichgewicht gebracht werden. Darüber hinaus wird die Epiphyse durch die Mondzyklen (hell/dunkel) beeinflusst, und diesen Zyklen unterliegt auch der Atem; wenn sie jedoch nicht in der richtigen Sequenz sind, weist das darauf hin, dass etwas im Energiekreis zwischen Mooladhara und Ajna gestört ist.
Mit der Epiphyse sind für den Durchschnittsmenschen ungewohnte Wahrnehmungen wie Telepathie, Hellsehen und -hören u.a. verbunden. Diese Fähigkeiten werden in Swara Yoga entwickelt, und eine der wirkungsvollsten Methoden, um die Epiphyse zu stimulieren, ist Trataka. In Trataka konzentriert man sich auf die Tattwa Yantras und auf Chhayopasana, dadurch wird Ajna Chakra stimuliert, obwohl Ajna über dem Einflussbereich der individuellen Tattwas liegt. Hier treten nur noch die feinsten Tattwas in Erscheinung: Mahat, das reine Bewusstsein und Prakriti, die kosmisch kreative Kraft. Die Swara Yogaübungen erfordern eine sehr feine Bewusstseinsstufe, um die Bedeutung und den Einfluss der individuellen Tattwas zu verstehen. Deshalb ist es so wichtig, die Fähigkeiten in Ajna zu entwickeln

Sahasrara unterscheidet sich zu den anderen Chakras im Aufbau und seiner Wirkung. Wenn Kundalini Shakti auf diese Stufe kommt, hat sie nichts mehr mit der tierischen und der menschlichen Wahrnehmung gemeinsam, die reine göttliche Kraft offenbart sich. Sahasrara befindet sich in der Krone des Kopfes; die Hypophyse und ihr Wirkungsfeld stehen unter der Regie dieses Chakras. Es ist der tausendblättrige Lotus, der in die ewige, unendliche, höchste Existenz führt. Hier regiert das reine Bewusstsein. In Mooladhara ist der Wohnplatz von Kundalini Shakti, wenn sie aber zu Sahasrara aufsteigt, wo Energie und Bewusstsein eins sind, dämmert die Erleuchtung. Mit dem Einfluss von Ajna steigen nun diese beiden Kräfte wieder herab, so dass wir den Himmel auf Erden erleben. Indem sich dem Yogi das Ziel von Yoga offenbart, erlangt er auch das Ziel von Swara Yoga.